蔡英文2日下午返台后，随即回到“总统府”听取相关单位，针对金江舰飞弹事件所进行的简报。蔡英文会中做出6点裁示，她认为，此事代表部队纪律松散，因此海军要立即完成整顿，最短时间内就要看到成果；同时，她也重批，若是已有标准作业程序，士官兵不确实执行，这就是目无军纪，人谋不臧。“军队没有纪律，便不叫军队”。
“总统府”发言人黄重谚晚间转述，蔡英文在简报后提出6点裁示，首先，她再次向罹难的船长黄文忠表示哀悼，也对受伤的船员致上歉意，并指示相关单位，务必全力协助家属善后及赔偿事宜，“政府一定负责到底”。
针对此事，蔡英文说，“绝对不可原谅”，它代表某些“国军”部队运作存在严重的问题。这次事件，绝对不只是个人操作失误的问题。雄风三型飞弹这种高度精准武器，具备了多重安全保险设计，但是在这次事件里，却因为人为操作问题，竟然全部没有作用，令人难以想像。
她认为，这代表该部队纪律松散，从管理到训练，许多环节都出了问题，而毫无警觉。做为“三军统帅”，蔡英文无法容忍，因此，在海军的舰队管理、人员纪律、教育训练，由海军司令负完全责任，立即完成整顿。从训练到作战，所有机制，重新检讨，要在最短时间内看到成果。
至于精准武器的控管，蔡英文说，这次意外相当严重，代表部队内部安全管制发生重大问题。她要求“国防部长”立刻负起全责，除了检讨本次事件，应该在2个月内提出“国军”精准武器控管的具体改善方案。
在“国军”形象上，蔡英文强调不能轻忽，目前此案进入司法程序，“法务部”已责成高检署检察长召集专案小组，进行调查。她要求军方全力配合，务必在最短的时间内，给家属以及社会大众一个清楚的交代。“水落石出”是这个事情唯一的选项。在司法调查告一段落后，不排除增加惩处名单。
另外，蔡英文认为，除了现有的调查之外，“国军”应该针对社会大众的质疑，提出更详细的说明。唯有澄清所有质疑，才能维系社会对“国军”的信心，也才能维持对外关系的稳定。
蔡英文也要求“国防部”和“参谋本部”，除了追究失职人员的责任之外，务必深究事件发生的系统性失灵原因。同时，“国防部”上上下下必须制定更严谨的操演准则，相关人员的训练也必须更严格和确实。
黄重谚说，蔡英文在听取简报过程中，对“国防部”说了重话：“没有标准作业程序，就立刻去订定；若是已有标准作业程序，士官兵不确实执行，这就是目无军纪，人谋不臧。军队没有纪律，便不叫军队”。蔡英文希望“国防部”针对这一点确实反省检讨。 而对于“国军”近来发生几起负面事件，蔡英文强调，作为“三军统帅”，接下来的改革，她会和“国军”一起承担；她重申，自己与“国军”荣辱与共。“国军”做得好的时候，她与“国军”同享荣耀。不过，当“国军”犯错的时候，她也一定会跟“国军”共同面对。“国军”的尊严，要靠大刀阔斧的改革才能赢回来。“国军”不需要害怕被检讨。勇于反省，才能壮大“国军”。
最后，蔡英文指示，相关部门要针对这次事件，向周边国家以及中国大陆做出完整的说明，并重申维持台海及区域和平稳定的决心，没有任何改变。
针对受伤的菲籍与越藉渔工，蔡英文已请相关行政机关提供协助，并已指示驻菲律宾和越南的代表处向渔工家属致意。
黄重谚表示，简报时间从下午五点半到七点半，参加人员有“总统”、“副总统”、“行政院院长”、“总统府秘书长”、“国家安全会议秘书长”，以及“国防部长”、海军司令、“外交部部长”、“次长”、陆委会主委、“国家安全局局长”、“法务部部长”及相关幕僚。